Á Stokkseyri er ein af varasamari innsiglingum landsins. Úti fyrir ströndinni er nær samfelldur skerjagarður og eru hafnaskilyrði með erfiðara móti. Í skerjagarðinum eru sker og flúðir, lón og rásir. Skerjagarðurinn er á Náttúruminjaskrá. Skerin fara í kaf í flóði en þegar alda vex brýtur á þeim. Lægi er innan skerjanna en það er hættusöm sigling á mjóum sundum sem er fljót að verða ófær ef sjór versnar.
Þessar erfiðu náttúrulegu aðstæður komu þó ekki veg fyrir að menn og konur sæktu sjóinn frá Stokkseyri og frægust þeirra allra er sennilega Þuríður Einarsdóttir sem fædd var 1777 og lést 1863. Hún var formaður á bát og fór fyrst á vertíð með föður sínum og bróður aðeins 11 ára. Eftir það fór hún á vertíð að vori og hausti ár hvert. Hún fékk sérstakt leyfi sýslumanns til að klæðast karlmannsfötum vegna sjómennskunnar. Þuríðarbúð er sjóminjasafn á Stokkseyri og var reist af Stokkseyringafélaginu í Reykjavík 26. júní 1949 til minningar um Þuríði Einarsdóttur formann. Í grein sem birtist í Fiskifréttum 20. júní 2019 er fjallað um þátt kvenna í sjósókn á árum áður. Þar segir m.a.: „Býsna margir standa væntanlega í þeirri trú að íslenskir sjómenn hafi frá upphafi verið nánast eingöngu karlar. Þekktasta undantekningin hafi verið Þuríður Einarsdóttir, eða Þuríður formaður eins og hún er jafnan nefnd, sem gerði út skip frá Stokkseyri og stýrði því af mikilli röggsemi. En í raun er það bara furðu lífseig þjóðsaga að konur hafi lítt stundað sjóinn hér við land. Nokkrar rannsóknir hafa verið gerðar á sjómennsku íslenskra kvenna. Þar ber hátt tvær bækur Þórunnar Magnúsdóttur sagnfræðings, Sjókonur á Íslandi 1891-1981 og Sjósókn sunnlenskra kvenna frá verstöðvum í Árnessýslu 1697-1980.“
Núna er hvorki útgerð né fiskvinnsla á Stokkseyri en höfnin stendur enn og er eins og minnisvarði um horfna starfshætti. Heimir Hoffritz, áhugamaður um ljósmyndun, átti þar leið um nýlega og myndaði innsiglinguna og staðhætti úr flygildi.
Blómaskeiðið
Á vef sveitarfélagsins Árborgar er samantekt um sögu útgerðar á Stokkseyri. Frekar lítið var róið frá Stokkseyri fram á 19. öld en Þorlákshöfn var þá aðal verstöðin á þessum slóðum. Upp úr 1787 verða þáttaskil. Þá hefst blómaskeið útvegs á Stokkseyri og stóð þá í hálfa öld. Þegar mest var réru 18 för árið 1826. Á þessu tímabili komu utanbæjarmenn til sjós frá Stokkseyri. Risu þá allmargar verbúðir upp fyrir sjómenn og er Þuríðarbúð dæmi um þessi híbýli sjómanna.
Fyrsti vélbáturinn var keyptur til Stokkseyrar árið 1904, 6 smálesta bátur. Á næstu árum fjölgaði vélbátum mjög og 1916 urðu þeir flestir, 17 talsins. Voru vélbátarnir í marga áratugi eitt helsta atvinnutæki byggðarinnar.
Upphaflegi sjóvarnargarðurinn var byggður 1890 og var 100 faðmar að lengd. Sjóvarnargarðinn má víða sjá við hliðina á voldugum grjótvarnargörðum sem byggðir voru upp eftir stórflóð árið 1990.
Hafnarskilyrði voru á Stokkseyri í erfiðasta lagi vegna mikils skerjagarðs. Stokkseyrarsund nefnist innsiglingin en skipalægið nefndist Blanda. Þar lét Grímur í Nesi setja niður skipsfestar árið 1891 fyrir lítil kaupskip og má segja að það hafi verið fyrsta hafnarbótin á Stokkseyri. Skömmu fyrir aldamótin 1900 var gerð uppskipunarbryggja fyrir verslanirnar á Stokkseyri. Síðar var höfnin endurbætt 1934 og 1955 og hafa hafnarbætur einkum fólgist í dýpkun innsiglingarinnar, uppsetningu sundmerkja og gerð bryggju. Höfnin hefur lítið verið notuð eftir tilkomu Óseyrarbrúarinnar sem var opnuð fyrir umferð 1989.
